Podlewanie jest jednym z głównych zadań związanych z zarządzaniem roślinami bonsai. Podlewanie wydaje się proste, ale nie jest łatwo je odpowiednio podlać. Podlewanie należy przeprowadzać w zależności od gatunku rośliny, zmian sezonowych, okresu wzrostu, okresu kwitnienia, okresu spoczynku i warunków pogodowych rośliny. Opanowanie czasu i ilości podlewania jest bardzo ważne dla wzrostu roślin. Śmierć niektórych roślin bonsai jest bezpośrednio związana z niewłaściwym podlewaniem.

Oprócz dostarczania roślinom doniczkowym wody i składników odżywczych, gleba doniczkowa umożliwia także roślinom normalne oddychanie powietrzem. Gdy gleba doniczkowa ma wystarczającą wilgotność, cząsteczki gleby rozszerzają się, wyciskając powietrze w szczelinach między cząstkami, powodując brak powietrza w glebie doniczkowej; gdy gleba w doniczce jest sucha lub stosunkowo sucha, cząsteczki gleby kurczą się, objętość staje się mniejsza i ponownie pojawiają się szczeliny między cząstkami. Szczeliny są wypełnione powietrzem.

Gdy gleba zmienia się z suchej na mokrą, powietrze w glebie doniczkowej również krąży w sposób ciągły, umożliwiając korzeniom roślin normalne oddychanie. Po każdym podlaniu korzenie rośliny w krótkim czasie zniosą brak tlenu w glebie doniczkowej. Jeśli jednak gleba doniczkowa będzie przez dłuższy czas zbyt wilgotna, co spowoduje długotrwały brak tlenu, spowoduje to erozję korzeni i inne choroby; Jeśli gleba przez długi czas jest sucha, mimo że w doniczce jest wystarczająca ilość tlenu, rośliny przez długi czas nie mogą wchłonąć wody, co również niekorzystnie wpływa na ich rozwój, a nawet może spowodować ich zamieranie. Dlatego podlewając rośliny bonsai należy kierować się zasadą „nie podlewaj ich gdy przeschną, podlewaj je obficie”.

Niedostateczne podlewanie i odwodnienie roślin powoduje więdnięcie i opadanie gałązek, a liście więdną, żółkną i opadają. W przypadku gatunków iglastych igły staną się miękkie i stracą swój mocny i kłujący charakter. Kiedy niedobór wody jest poważny, kora gałązek kurczy się jak gęsia skórka. Jeśli latem spotkasz się z taką sytuacją, natychmiast przenieś roślinę do zacienionego miejsca. Gdy temperatura spadnie, najpierw spryskaj liście wodą, następnie wlej trochę wody do garnka, a po godzinie dokładnie wlej wodę.

W przypadku silnie odwodnionych roślin należy uważać, aby nie podlać od razu wystarczającej ilości wody, ponieważ przy silnym odwodnieniu kora korzeniowa skurczyła się i znajduje się blisko ksylemu. Jeśli nagle dostarczona zostanie duża ilość wody, system korzeniowy rozszerzy się w wyniku szybkiego wchłaniania wody, co spowoduje pęknięcie kory, co doprowadzi do śmierci rośliny, dlatego musi nastąpić stopniowy proces adaptacji. Po tym, jak rośliny, którym bardzo brakuje wody, zostaną poddane powyższemu zabiegowi, najlepiej umieścić je w cieniu przez kilka dni, a następnie, gdy już urosną, uprawiać je na słońcu. Nie należy jednak nadmiernie podlewać. Oprócz powodowania stromego wzrostu roślin, co wpływa na kształt drzewa i wartość ozdobną, nadmierne podlewanie może również łatwo spowodować zgniliznę i śmierć korzeni. Miniaturowe doniczki bonsai wymagają mniej gleby, dlatego szczególnie ważne jest, aby podlewać je o właściwej porze i w odpowiedniej ilości.